Solexa GA II高通量測序儀原理同Illumina Hiseq 2000，是基于單分子簇的邊合成邊測序技術，它基于專有的可逆終止化學反應原理。

利用Solexa GA II測序時，首先將基因組DNA的隨機片段附著到光學透明的玻璃表面(即Flow cell)，這些dn**段經過延伸和橋式擴增后，在Flow cell上形成了數以億計Cluster，每個Cluster是具有數千份相同模板的單分子簇。然后利用帶熒光基團的四種特殊脫氧核糖核苷酸，通過可逆性終止的SBS(邊合成邊測序)技術對待測的模板DNA進行測序。測序通量較Hiseq 2000低，一個run測序可產生50Gb數據，一次可以運行可獨立測試8個樣品。應用范圍包括基因組de novo測序，基因組重測序，轉錄組測序，小RNA測序，ChIP-Seq測序，甲基化測序等。